Православные храмы и монастыри на канонической территории Енисейской епархии начали основываться еще в первой четверти XVII века, одновременно с освоением приенисейской Сибири.
Тогда же принял мученическую кончину, а в середине XVII в. был прославлен первый на енисейских берегах местночтимый святой — святой мученик Василий Мангазейский. В 1618 году заложен ставший затем крупным духовным центром Восточной Сибири Енисейск. Здесь были основаны Свято-Спасский мужской и Свято-Иверский женский монастыри, мастерами-енисейцами возводились многочисленные храмы в традициях восточно-сибирского церковного зодчества, ряд из них сохранился до наших дней или восстановлен. В Енисейске были преданы земле честные останки местночтимого сибирского святого, праведного Даниила Ачинского. Значительную роль в православном миссионерском освоении северных территорий Енисейской губернии играл Свято-Троицкий мужской монастырь (быв. сел. Монастырское, ныне — Туруханск), место паломничества к святым мощам мученика Василия Мангазейского (в 20-е гг. ХХ века временно утраченным, в середине 90-х гг. вновь обретенным).
Учредить Енисейскую епархию положено было еще на московском Соборе 1681 года, но епархия учреждена только в 1861 году, а до этого времени ее территория принадлежала сначала к епархиям Тобольской и Иркутской, потом к Иркутской и наконец к Томской.
В 1861-1934 гг. Красноярская епархия именовалась Енисейской и Красноярской. Позднее — Красноярской и Енисейской.
Пространство епархии 2246627 кв. верст, население 623494 человек; приходов 222, монастырей 7, в том числе 1 архиерейский дом и 1 скит; церковных библиотек 207, церковно-приходских попечительств 37; церковно-приходских школ 203 (7 двухклассных и 196 одноклассных). В Красноярске — духовная семинария, духовное училище и епархиальное женское училище.
Первый енисейский правящий архиерей — Преосвященный Никодим (Казанцев), немало потрудившийся для духовного и культурного развития епархии и Енисейской губернии в целом. Его перу принадлежит ряд трудов по истории приенисейского края, в том числе — о святом мученике Василии Мангазейском и рукописных дневников, ныне готовящихся к публикации. Последующие архиереи всемерно продолжали при участии духовенства и прихожан эту благодатную деятельность, в результате чего к 1917 году на территории епархии было открыто более пятисот храмов (включая, помимо приходских, домовые церкви, молитвенные дома и часовни), действовали благотворительные, катехизаторско-просветительские, миссионерские учреждения, общества, братства, воскресные школы. Существовали также церковные хозяйственные предприятия. К 1917 году в Енисейской епархии было пять действующих, открытых в прошлые века монастырей, один общежительный скит, две новоустраиваемых женских обители. Приходов, включая приписные, начитывалось более трехсот.
События 1917 года и последующих лет коренным образом изменили жизнь епархии. Целенаправленная борьба новых губернских властей с Церковью началась после принятия декрета Совнаркома об отделении Церкви от государства и школы от Церкви. Уже к лету 1918 года было закрыто большинство епархиальных учреждений и хозяйственных предприятий. Церковные и монастырские земли конфисковывались и передавались в государственный фонд. Эта политика первоначально встречала стихийный отпор со стороны широких масс верующих.
В период временного падения советского режима на территории края летом 1918 года и в последующие месяцы усилился «красный террор» по отношению к православным пастырям. Деянием Аpхиеpейского Собоpа 2000 года было определено включить в Собор новомучеников и исповедников Российских XX века принявших в это время мученический венец иереев Красноярской епархии: Александра Поливанова (1919), Амоса Иванова (1919), Владимира Фокина (1919), Димитрия Неровецкого (1919), Иоанна Пригоровского (1878-1918), Михаила Вологодского (1920), Михаила Каргополова (1919), Николая Силина (1919), Порфирия Фелонина (1919), Стефана Семенченко (1919), Трофима Кузнецова (1919).
После окончательного установления Советской власти в губернии процесс «ликвидации» приходов и религиозных учреждений возобновился с удвоенной силой. Объектом национализации стали, прежде всего, монастыри и домовые храмы. Были закрыты не только сами монастыри, но и все открывавшиеся на их территории сельскохозяйственные артели. Массовый голод в стране послужил поводом для масштабной кампании по изъятию церковных ценностей, прошедшей в храмах епархии весной и летом 1922 года. Православные общины закрывались, имущество церквей разграблялось. Протесты духовенства и прихожан игнорировались.
После 1922 года епархия периодически оставалась без постоянного архиерейского управления. Незначительная часть приходов перешла к обновленцам. Не впавшие в обновленческий раскол приходы края по возможности поддерживали связь с епископами соседних сибирских регионов (на непродолжительное время на территории губернии были, помимо Красноярской, созданы также оставшиеся верными Патриарху Минусинская и Ачинская епархии). Рукоположенный в 1925 году во епископа Красноярского иеромонах Амфилохий (Скворцов), будущий новомученик, был уже в следующем году арестован и отправлен в заключение на Соловки. Недолгое время на территории края существовали также две обновленческие и одна григорианская «епархии» и их немногочисленные приходы.
Как и по всей стране, антирелигиозная кампания в регионе усилилась в тридцатые годы, в результате чего к началу Великой Отечественной войны были закрыты практически все храмы на территории Красноярского края. До 1938 гг. руководство церковной жизнью осуществляли временно управлявшие епархией архиереи. Последний временно управлявший епархией владыка Сергий (Куминский), епископ Ачинский, был арестован в ноябре 1937 года. Большинство представителей красноярского духовенства были арестованы, другие вынужденно пребывали за штатом и на покое. Архиерейским Собором 2000 года были канонизированы принявшие мученическую кончину в период репрессий 30-х гг. ХХ века епископ Красноярский и Енисейский Амфилохий (Скворцов, 1885-1937) и протоиерей Николай Казанский (1874-1942).
Изменение государственной политики по отношению к Церкви, произошедшее в годы войны, позволило начать восстановление церковной жизни на территории епархии. Первым из красноярских храмов вновь открылся храм-часовня Святителя Николая Мирликийского на Николаевском кладбище в Красноярске; в нем проходили богослужения, возглавляемые святителем Лукой (Войно-Ясенецким), назначенным на красноярскую кафедру в 1942 году и занимавшим ее до начала 1944 года. Уже после отбытия архиепископа Луки к месту нового служения в Тамбов был вновь открыт старинный Свято-Покровский кафедральный собор. Постепенно стали открываться приходы в других городах и районах края.
После непродолжительного периода временного архиерейского управления приходы епархии вошли в состав соседних епархий; по большей частью они были объединены в Красноярское благочиние в составе Новосибирской епархии. Большая часть открытых и построенных на красноярской земле в послевоенные годы храмов была вновь закрыта во времена новых атеистических гонений. Церковная жизнь в действующих приходах епархии продолжалась при окормлении немногочисленных пастырей, их и их паствы молитвами и трудами. Среди восстанавливаемых ныне имен этих подвижников многим особенно памятно имя архимандрита Нифонта (Глазова) (1919-2004 гг.), бывшего в 60-70 гг. прошлого века благочинным Красноярского округа, духовно взрастившего несколько поколений красноярцев, в числе которых есть и немало священнослужителей.
В результате многолетней борьбы государства с Церковью, к моменту празднования 1000-летия Крещения Руси в крае не насчитывалось и полутора десятков действующих храмов. Современный этап в истории епархии и ее возрождение после семидесятилетнего периода атеистического безвременья начались в 1990 году после воссоздания Красноярской епархии и назначения (20 июля 1990 года) на кафедру епископа Антония (Черемисова).
К моменту открытия Красноярской епархии в нее входили выделенные затем в отдельные епархии приходы Кемеровской и Хакасской автономной областей. За прошедшие годы в Красноярской епархии восстановлено и построено более 210 храмов, молитвенных домов и часовен. Возведенный в конце ХХ века Свято-Крестовоздвиженский собор г. Лесосибирска — один из самых больших храмов Зауралья.
Самостоятельная Енисейская епархия была образована 30 мая 2011 года (выделена из Красноярской епархии) постановлением Священного Синода Русской Православной Церкви в пределах Енисейского, Казачинского, Мотыгинского, Пировского, Северо-Енисейского, Таймырского (Долгано-Ненецкого), Туруханского и Эвенкийского районов Красноярского края, а также Енисейского, Лесосибирского и Норильского городских округов.
При образовании епархии Священный Синод руководствовался протяженными расстояниями между епархиальным центром Красноярской епархии и районами Красноярского края, в которых требуется усиление миссионерской, духовно-просветительской работы, а также строительство новых храмов.
Правящему архиерею Енисейской епархии Синод постановил иметь титул Енисейский и Норильский.
Преосвященным Енисейским и Норильским Синод определил быть епископу Чукотскому и Анадырскому Никодиму.
