Каноническая территория Курганской и Шадринской епархии соответствует административным границам Курганской области, расположенной к юго-востоку от Уральских гор.
Первоначально приходы на ее территории находились в ведомстве Тобольской епархии. С 1923 года они вошли в состав Екатеринбургской епархии, из которой были выделены в отдельную епархию решением Священного Синода от 23 февраля 1993 года.
Первым правящим архиереем Курганской епархии 3 апреля 1993 года был назначен епископ Михаил (Расковалов). В годы его управления епархией началось возрождение древних Долматовского мужского и Свято-Введенского женского монастырей, закрытых после революции.
Путем преобразования из приходов были открыты два новых монастыря: в 2000 году женский монастырь Похвалы Божией Матери в сел. Боровском, и в 2002 году — Свято-Казанский Чимеевский мужской монастырь, где хранится чудотворный Чимеевский образ Божией Матери.
В 1994 году состоялось обретение честных мощей прп. Далмата Исетского, прославленного в лике местночтимых святых. В 2002 году в числе новомучеников и исповедников Российских был канонизирован священномученик Аркадий Гаряев, священник Никольского храма сел. Боровского, замученный красноармейцами в 1918 году. В 2007 году в присутствии владыки Михаила и епархиального духовенства были обретены честные мощи сщмч. Аркадия Боровского, покоящиеся ныне в женском монастыре Похвалы Божией Матери.
В 2004 году определением Синодальной комиссии по канонизации святых икона Божией Матери, именуемая «Чимеевская», была внесена в календарный месяцеслов для общецерковного почитания.
На территории епархии действуют два кафедральных собора — святого благоверного князя Александра Невского в г. Кургане и cвятителя Николая в г. Шадринске. Кафедральный город епархии — Курган.
11 августа 2008 года, после кончины епископа Курганского и Шадринского Михаила, указом Святейшего Патриарха Алексия временным управляющим Курганской епархией был назначен епископ Магнитогорский Феофилакт, викарий Челябинской епархии.
6 октября 2008 года на заседании Священного Синода под председательством Святейшего Патриарха Алексия был рассмотрен вопрос о замещении вдовствующей Курганской епархии. Синод постановил назначить архиепископом Курганским и Шадринским Преосвященного Константина, архиепископа Тихвинского, викария Санкт-Петербургской епархии, ректора Санкт-Петербургской духовной академии и семинарии, освободив его от ректорских обязанностей (журнал № 85).
