Православные поселения стали обосновываться в пределах Уфимского края во второй половине XVI века, но следы христианской веры здесь обнаруживаются уже в VIII-Х вв. Территория, занимаемая нынешней Уфимской епархией, с древних времен населялась многими народами, которые различались не только языками и обычаями, но и происхождением. Таковы народы финно-угорского, тюркского, славянского происхождения. Христианская вера могла проникнуть сюда как через проповедников слова Божия из Византии и других стран Востока, так и через торговых людей, кочующих из одной страны в другую, а порой и оседающих среди других племен. Проникала и через соседнюю иудейскую Хазарию, где в те века тоже было немало христиан.
Святитель Григорий Нисский не только булгар дунайских, но и кубано-кавказских производит из волжских булгар. Арабские путешественники Х-ХI вв., среди которых Ахмет ибн-Фадлан из Багдада, тоже указывают на христианские обычаи среди волжских булгар. Тем более, исходя из последних данных, до XI века значительную часть населения Волжской Булгарии представляли славяно-русы. Таким образом, до принятия булгарами ислама христиане составляли среди этого народа значительную часть.
Существуют и другие факты, подтверждающие присутствие христианства в Башкирии до того, как эти земли стали относиться к Российскому государству. Так, финно-угорские народы занимали пространство от Камы до Иртыша. Гунны некоторое время населяли районы юго-восточной части Уфимской и Оренбургской губерний, и здесь тоже была смесь народов иранского, тюркского и отчасти славянского происхождения. Это обширное пространство между Обью и Уфой входило в состав владений новгородцев, которые ранее XII века успели завладеть землями между Ладогой, Белым и Карским морями, рекой Уфой и нынешним городом Уфой. Вместе с торговлей они несли сюда и христианскую веру. Кроме того, Православие новгородцы в XII веке распространяли между двинскими народами в Архангельской губернии. О наличии русских колоний по берегам Камы в XIII веке в районе Мензелинска, Набережных Челнов и Николо-Берёзовки говорят историки Р.Г. Игнатьев, Н.М. Карамзин и др.
Но, безусловно, полного утверждения в тот ранний период Православия не могло быть. Причины заключались в кочевом образе жизни и постоянных опасностях, которым подвергались эти народы со стороны среднеазиатских, тюрко-монгольских и других воинствующих племен. По-настоящему же здесь стала распространяться православная христианская вера с XVI века с переселением в эти края русского населения, строительством здесь крепостей, деревень, сел, а вместе с этим и церквей, монастырей, часовен.
Первым памятником христианства в Уфе стала деревянная Троицкая церковь, построенная стрельцами «об един день» в Святую Троицу в 1574 году — в день основания Уфы. Вторая церковь во имя Казанской Божией Матери построена в 1579 году в начале Казанской улицы. Об этом храме упоминается в грамоте царя Феодора Иоанновича 1593 года. Из грамоты видно, что церкви во имя Казанской Божией Матери, по челобитной протопопа этой церкви Адриана, была пожалована земля около самого города «от места, глаголаемого Усолья до реки Уфы и городища».
Уфимская епархия как самостоятельное духовное управление Русской Православной Церкви существует с 1799 года, со времен царствования императора Павла I, но истоки ее возникновения относятся к временам Иоанна Грозного.
За прошедший период границы Уфимской епархии не раз менялись. Уфа по своему духовному управлению относилась то к Казани, то к Оренбургу, то к Тобольску, то к Перми, то к Вятке. Оренбургско-Уфимская епархия была открыта в 1799 году для Оренбургской губернии — обширной административно-областной единицы, образованной в 1743 году и определившейся в своих границах в 1782 году, при временном переименовании (до 1796 года) губернии в Уфимское наместничество. По этим границам в состав Оренбургского края входили нынешние Уфимская и Оренбургская губернии, почти половина Самарской (Бузулукский, Бугурусланский и Бугульминский уезды), а также области Тургайская и Уральская. Этим краем, обнимавшем границами почти миллион квадратных километров, было трудно управлять как в административном, так и в духовном отношении.
В 1859 года Оренбургско-Уфимская епархия была разделена на Уфимскую и Оренбургскую. Окончательно эти епархии определились в своих границах в 1862-1865 гг.
К 1912 году в Уфимской епархии насчитывалось 5 мужских и 8 женских монастырей, 526 церквей, в том числе 7 соборных, 432 приходских, 21 домовая, 6 кладбищенских, 22 приписных. К 1919 году в 320 церковно-приходских школах и школах грамот обучалось 14142 ученика. В начале 1920-х гг. действовало более 700 церквей (включая приписные, единоверческие и молитвенные дома), 16 монастырей, духовная семинария, два епархиальных училища (мужское и женское), множество больниц и приютов. При церквах действовали 388 библиотек, при монастырях — 4 больницы и 3 богадельни.
После 1919 года на епархию обрушились гонения. К 1939 году органами советской власти в Уфимской епархии были закрыты все храмы, кроме Сергиевской церкви в г. Уфе; все ценности были изъяты.
В годы Великой Отечественной войны по просьбе верующих правительство страны разрешило открыть некоторые храмы для богослужений. В 1944 году Уфимская епархия была восстановлена и к 1956 году в ней действовали уже 42 церкви. Но после непродолжительной оттепели началась вторая (т.н. хрущёвская) волна атеистического наступления и репрессий. Снова закрывались храмы, продолжилось преследование верующих. К 1965 году на территории Уфимской епархии действующими остались только 17 приходов, большинство из которых представляли невзрачные молитвенные дома — большинство зданий храмов к этому времени были разрушены.
К 1990 году в епархии насчитывалось всего около 30 приходов.
На конец 2011 года в Уфимской епархии открыты 287 приходов, 20 из которых — в Уфе. Действуют 8 монастырей, домовые и тюремные храмы; окормляют паству 247 священнослужителей. При ряде приходов действуют воскресные школы, православные братства, библиотеки.
Решением Священного Синода от 27-28 декабря 2011 года (журнал № 151) включена в состав Башкортостанской митрополии; из состава Уфимской епархии выделены Нефтекамская и Салаватская епархии.
Решением Священного Синода от 29 июля 2017 года (журнал № 51) из состава Уфимской, Салаватской и Нефтекамской епархий выделена Бирская епархия.
